Систематика цитрусовых и их ближайших родственников очень запутана и дискусионна среди специалистов из-за распространённых внутривидовых, внутриродовых гибридизаций, апомиксиса и мутаций. Некоторые таксоны меняли свой статус с видового на родовой и наоборот (трифолиата, кумкваты, австралийские цитрусовые). Многие цитрусовые, веками считавшиеся полноценными видами оказались межвидовыми гибридами (Лимон, Лайм, Апельсин, многие мандарины и др.). Существует несколько классификаций предназначенных навести порядок в этом разнообразии, но все они не лишены недостатков. Поэтому структура сайта не стремится соответствовать какой-либо из них, а организована для обеспечения максимального удобства пользования сайтом. Разнообразные сорта, виды, формы собраны по категориям, которые объединены в общий раздел с условным названием Род Citrus, хотя некоторые из таксонов по тем или иным классификациям могут не входить в ботанический род с таким названием.

По мере того как становится доступной геномная информация как о диких, так и о культивируемых цитрусовых, становится ясной история их одомашнивания и лежащие в их основе признаки или гены.

Систематика и филогения цитрусовых были предметом споров в течение последнего столетия из-за необычно большого числа межвидовых гибридов, что затрудняет идентификацию чистых видов и не позволяет сделать вывод о достоверной филогении. Чистые виды цитрусовых размножаются путем полового скрещивания между представителями одного и того же вида и, следовательно, в целом свободны от интрогрессионных событий. Напротив, большинство коммерческих или одомашненных цитрусовых получены в результате межвидовых скрещиваний с последующим последовательным обратным скрещиванием, создавая таким образом характерные образцы примесей, которые содержат геномные области от разных чистых видов (Wu et al. 2014). Кроме того, коммерческие сорта, как правило, размножаются клонированием с помощью прививки, что позволило образцам примесей, которые были созданы много поколений назад, дойти до нашего времени. Хотя нет четких доказательств происхождения первых смешанных геномов, существуют записи о сладких апельсинах (смесь между поммело и мандарином), датированные 2300 годами назад (цитируется в Xu et al.2013), что может указывать на происхождение первых примесей цитрусовых за последние несколько тысяч лет. ¹⁾

Особое значение для наших целей имеют сравнительные геномные анализы, представленные в Wu et al. (2014, 2018), которые позволили различать чистые и смешанные образцы цитрусовых и вывести филогению, генеалогию и хронологию видообразования цитрусовых. Согласно Wu et al. (2018), филогенетическая связь между чистыми видами цитрусовых, включенными в текущую работу, выглядит следующим образом. Китайский коробчатый апельсин (S.buxifolia), вне группы клады цитрусовых, отделился от группы цитрусовых около 13 млн. лет назад (Pfeil and Crisp 2008). Последний общий предок цитрусовых жил в континентальной Юго-Восточной Азии около 8 млн лет назад, в позднем миоцене. Это был период серьезных климатических изменений, характеризующихся глобальным снижением уровня CO2 (Holbourn et al. 2018), что привело к эпохе глобального похолодания, что привело к значительному ослаблению муссонов и усилению засушливости субтропических регионов (Herbert et al. 2016). В Юго-Восточной Азии это заметное изменение климата вызвало серьезные изменения в биоте, включая быстрое излучение различных линий растений (см. Ссылки в Wu et al. 2018), включая цитрусовые. Ичанг папеда расходился в самом начале Видообразование цитрусовых и, по-видимому, мигрировало в Центральный Китай. Вскоре после этого, примерно 7-6 млн лет назад, разделились две основные клады: цитрусовые и поммело (Индия, Индокитай и Малайский архипелаг) в одной из них и мандарины (Восточный и Южный Китай и Япония) в другой. Три изученные здесь цитрусовые примеси C. maxima и C. reticulata содержат разные пропорции интрогрессии поммело в геном мандарина (C. clementina, 12%; C. unshiu, 24%; и C. sinensis, 42%) и были получены в разное историческое время, максимум несколько тысяч лет назад, из разных генетических предпосылок. ²⁾

• Socio-economic importance, domestication trends and in situ conservation of wild Citrus species of Northeast India (2013)

  S. K. Malik, Susheel Kumar, I. P. Singh, O. P. Dhariwal, Rekha Chaudhury Genetic Resources and Crop Evolution 60/5 p1655-1671

  Springer Science and Business Media LLC DOI:10.1007/s10722-012-9948-x
• Molecular phylogeography and population evolution analysis of Citrus ichangensis (Rutaceae) (2017)

  Xiaoming Yang, Hang Li, Huiwen Yu, Lijun Chai, Qiang Xu, Xiuxin Deng Tree Genetics & Genomes 13/1

  Springer Science and Business Media LLC DOI:10.1007/s11295-017-1113-4

• Towards a molecular taxonomic key of the Aurantioideae subfamily using chloroplastic SNP diagnostic markers of the main clades genotyped by competitive allele-specific PCR
• A Six Nuclear Gene Phylogeny of Citrus (Rutaceae) Taking into Account Hybridization and Lineage Sorting - 2013
• A Phylogenetic Analysis of 34 Chloroplast Genomes Elucidates the Relationships between Wild and Domestic Species within the Genus Citrus - 2015
• Evolution of self-compatibility by a mutant Sm-RNase in citrus - 2020
• Transcriptome analysis of the pulp of citrus fruitlets suggests that domestication enhanced growth processes and reduced chemical defenses increasing palatability - 2022
• Chemotaxonomic Study of Citrus, Poncirus and Fortunella Genotypes Based on Peel Oil Volatile Compounds - Deciphering the Genetic Origin of Mangshanyegan (Citrus nobilis Lauriro) - 2013
• Phylogenetic origin of limes and lemons revealed by cytoplasmic and nuclear markers - 2016
• Род Citrus на Flora of China